全过程一般可分3个阶段：

准备阶段
主要的工作包括：①路线踏查，统一调查技术，确定土壤调查的填图单元。②收集并阅读调查区内各种有关自然、社会经济、农业和土壤的资料和图件。③准备供调查填图时用的底图，通常选用大于成图比例尺的符合精度要求的地形图(或地形-地块图);也可用航片或卫片判读方法进行。④准备调查用的装备、工具和化学分析设备等。

野外作业阶段
按统一的调查技术要求进行以下工作：①依照技术规程要求，在规定的面积范围内挖掘具有代表性的土壤剖面,进行观察、描述、记载和比较,并采集供各种用途的土壤标本。②根据土壤剖面形态特征，确定土壤变异的界线和勾绘土壤草图。③研究调查区内土壤的特性、分布与成土因素、人为因素之间的关系，以揭示土壤类型的差异及其自然分布规律。④根据成土条件和土壤特性提出土壤合理利用的途径。

室内整理资料阶段
主要的工作包括：①将野外各种资料和化学分析资料进行整理、归纳和系统化；②根据经整理的资料制订土壤分类系统和制图单元系统；③绘制土壤图和其他有关图件；④编写土壤调查报告和有关图件的说明书等。

调查资料的应用
土壤调查资料（土壤图、调查报告以及其他有关的各种图件或文字说明）可以作为全国性或区域性的综合自然区划、农业区划以及国土整治规划的依据之一,也是农业生产单位(乡、村及农、林、牧场)进行生产规划和制订改土培肥措施的重要根据。某些性的土壤调查，如荒地资源调查、工程土壤调查、低产土壤调查、侵蚀土壤调查、污染土壤调查、自然保护区土壤调查以及军事土壤调查等，其目的性和服务对象更为明确，应用性更强。

了解土壤污染状况：随着工业化和城市化的发展，土壤污染问题日益严重。通过土壤环境调查，可以了解土壤的污染状况，包括污染物的种类、浓度、分布等，为制定相应的治理措施提供科学依据。

环境地质调查是通过对区域地质环境条件和由自然地质作用及人类活动引起的环境地质问题的调查研究，评价预测资源开发与国土整治的环境地质条件,论证重大区域性环境地质问题和有关地质灾害的地质环境背景,拟定地质环境保护对策，为区域经济与社会可持续发展、生态环境建设与地质环境保护提供科学依据。

地下水现状调查应遵循如下几个原则：

(1) 以收集现有有效资料为主，在现有资料不足以说明问题时，应补充少量的勘探工作。

(2) 现状调查要紧紧围绕评价大纲规定的内容进行，既不能对内容和深度要求过高，但也不应降低应进行的工作。

(3) ，有针对性地回答所关心的地下水环境问题。

(4) 调查应有足够的质量措施，以调查结果的有效性和可靠性。

从概念上讲，调查范围应包括拟建项目或活动可能影响到的地下水，因此，该拟建项目或活动所处的地质单元是应该考虑的范围。但是，由于通常地下水运动较慢，而且污染物进入地下水(包括非饱和带和饱水带)后，由于各种机制的作用，使得其运动速度又小于水的运动速度，因此，污染物在地下水的运动是一个缓慢的过程。在一般情况下，经过相当长的时间，污染物才迁移很短距离。而且，目前的地下水评价并未明确需要评价的时段。由于上述两个原因，在实际工作时，调查范围一般不会太大。不过，至少要考虑上时期可能影响到的区域作为调查范围。同时，调查范围的确定还应考虑到评价的等级。
采用系统的调查方法，确定地块是否被污染及污染程度和范围的过程。土壤污染状况调查可分为三个阶段：阶段土壤污染状况调查是以资料收集、现场踏勘和人员访谈为主；第二阶段土壤污染状况调查是以采样与分析为主的污染证实阶段；第三阶段土壤污染状况调查以补充采样和测试为主。